من المفترض أن الكائنات الحية المجهرية التي لا ترى بالعين المجردة موجودة في عالمنا منذ قرون عديدة ولكن لم يتم اكتشاف هذه الكائنات فعليا إلا في القرن السابق عشر. وقد كتب الباحث الروماني ماركوس في كتاب له عن النمو .. نظريات عن الكائنات المجهرية الأولية وقد حذر من السكن بالقرب من المستنقعات.. والسبب أن هناك بعض المخلوقات الدقيقة التي لا يمكن رؤيتها بالعين، والتي تطير في الهواء وتدخل إلى الجسم عن طريق الفم والأنف وتسبب الكثير من الأمراض الخطيرة. وهذه اشارات تدل على ان القدماء كانوا على علم بإمكانية انتشار الأمراض بسبب الكائنات الحية غير مرئي. أما في كتاب قانون الطب فقد ذكر أبو علي بن سينا أن الأمراض تنتقل عن طريق كائنات حية دقيقة لا ترى بالعين وتسبب الأمراض المعدية مثل مرض السل. وكان أول من استخدم الحجر الصحي كوسيلة للحد من انتشار الأمراض المعدية. في القرن الرابع عشر وفي بلاد الأندلس عُرف مرض الطاعون وكان يسمى الموت الأسود، وهو من الأمراض المعدية. وفي 1546م جاءت نظرية أن الأمراض الوبائية ناجمة عن الكائنات القابلة للانتشار ويمكن أن يصاب الشخص به إما باتصال مباشر أو غير مباشر، أو حتى من دون الاتصال عبر مسافات طويلة. كل هذه النظريات لا تستند إلى أية بيانات أو علم. والكائنات الدقيقة لم يثبت أن شاهدها أو وصفها أي عالم إنما وصفت بالخيال وصفا ليس صحيحا وليس دقيقا حتى القرن السابع عشر. وقد استخدم المجهر ذو عدسة واحدة وبدأ علم الاحياء الدقيقة وكان ذلك في عام 1676م. ولويس باستور وروبرت كوخ كانا من المعاصرين ومن مؤسسي علم الأحياء الدقيقة الطبية.. هما الأكثر شهرة وكانت لكل منهما سلسلة من التجارب في هذا المجال وقد وضع كل منهما نظريات واضحة في علم التعفن كما قاموا بتوطيد هوية علم الأحياء المجهرية كأحد العلوم البيولوجية. أستاذ علم أمراض النساء والولادة كلية الطب جامعة الملك عبدالعزيز بجدة