حذر الأطباء من استخدام المضادات الحيوية باستمرار لأنها تؤدي لظهور بكتيريا متطورة تقاوم المضادات الحيوية وبالتالي تؤثر على سرعة شفاء المرضى. وظهرت في الآونة الأخيرة أنواع جديدة من البكتيريا لها القدرة على إكساب الجسم المناعة ضد المضادات الحيوية فتعرض البكتيريا الاعتيادية لجرعات طويلة من المضادات الحيوية يعد عاملاً محفزاً يساعد البكتيريا على اكتساب المناعة. ويعد تناول المضادات الحيوية بشكل دائم ومن دون وصفة طبية يؤثر سلباً على المناعة، إذ يلجأ الكثير من الناس إلى تناول المضادات الحيوية عند الإصابة بأي التهاب من دون استشارة الطبيب ولمدة طويلة في بعض الأحيان لاعتقادهم أن ذلك سوف يقضي على مسبب الالتهابات تماماً. وبحسب الخبراء فان العديد من الأمراض المعدية تقاوم المضادات الحيوية مثل ال ايكولاي وهي سلالة جديدة من البكتريا المقاومة للعقاقير، موضحين أنه إذا ما اكتسبت هذه البكتيريا جيناً آخر مقاوم للمضادات الحيوية قد تصبح أقوى من أي عقار.