انتقد منظر الجهاد السيد إمام الشريف، المعروف باسم الدكتور فضل، تنظيم القاعدة ونهجه، وأكد أنه قطع صلته به وبجميع الأشخاص التابعين له، وقال "إن القاعدة لا تملك منهجا ولا فكرا ولا منظرا ولا مفتيا إلا ما يراه بن لادن برأيه الشخصي"، وشدد على أن أيمن الظواهري مرواغ، وأن بن لادن خان الملا عمر وأضاع أفغانستان. واعتبر د. فضل في حوار نشرته صحيفة "الحياة" اللندنية داخل سجن "طرة" أن تنظيم "القاعدة" انتحر في سبتمبر/أيلول 2001، وأن الهجمات التي نفذها عناصر التنظيم في نيويورك وواشنطن، والتي كانت سببا في الغزو الأمريكي لأفغانستان، أفضت إلى ضرب البناء التنظيمي للقاعدة، وقال "إن إقدام "القاعدة" على تعيين "محاسب" مسؤول عن التنظيم في أفغانستان دليل على أن التنظيم لم يعد يملك قادة حركيين". وسرد د. فضل تفاصيل عن علاقته بالرجل الثاني في تنظيم "القاعدة" د. أيمن الظواهري التي بدأت قبل أكثر من 30 عاما، وروى تفاصيل إعادة تأسيس جماعة "الجهاد" في باكستانوأفغانستان، والعلاقة التي ربطت الظواهري بأسامة بن لادن والظروف التي نشأ فيها تنظيم "القاعدة"، ورد على آراء طرحت تعليقا على وثيقة "ترشيد الجهاد في مصر والعالم" التي أطلقها أخيرا. الظواهري ورط أصحابه وشهد ضدهم ووصف د. فضل الظواهري بأنه "مراوغ"، مشيرا إلى أنه تعرض لخدعة من الظواهري في بداية الثمانينات من القرن الماضي، وقال "لم أكتشف إلا بعد اغتيال الرئيس أنور السادات أن الظواهري مراوغ، ويتعلل بالسرية، وأنه كان أمير مجموعة المعادي، ولم يكن معهم أحد من المشايخ، وأنه هو الذي تسبب في اعتقال أصحابه وشهد ضدهم في التحقيقات". وأكد "أن الظواهري كرر الأمر في باكستان عند إعادة تأسيس جماعة الجهاد؛ إذ أصر على إحضار شباب من مصر وتكوين الجماعة، وطلب مني القيام بدور شرعي معهم". وأضاف "وافقت وشيئا فشيئا كثر عددهم ومشاكلهم وبصفتي معلمهم الشرعي صارت المشاكل تأتيني بعدما يهرب الظواهري من حلها"، موضحا "أن السلطات المصرية اعتبرت صلته بالجماعة صلة إمارة تنظيم، في حين أن الحقيقة كانت التوجيه الشرعي". وذكر أنه قطع صلته بالظواهري والجماعة بسبب إصرارهم على القيام بعمليات قتالية في مصر منذ عام 1992، ثم تحريفهم كتابه "الجامع في طلب العلم الشريف". ونفى د. فضل أن يكون خلافه مع الظواهري شخصيا، وقال "الخلاف موضوعي، فهو كان عالة عليَّ في المستوى التعليمي والمهني والشرعي، وأحيانا الشخصي، وتنكر لكل هذا وجحد بالنعمة، وعض يدي التي امتدت إليه بالإحسان، غش وتدليس وخيانة وكذب وبلطجة". وأضاف "إن هذه الصفات ما زالت موجودة لدى الظواهري وأتباعه الذين عضوا يد الملا محمد عمر"، من خلال هجمات أيلول واستدراج الأمريكيين إلى أفغانستان وإسقاط نظام "طالبان". بن لادن أضاع أفغانستان وقال "إن المصريين كانوا وراء تأسيس "القاعدة"، ثم أداروا التنظيم، وحاولوا أن يحسنوا توجيه بن لادن وأن يقللوا من تفلتاته الشرعية، وأنه -أي د. فضل- قطع صلاته بالجميع لما رأى غالبيتهم متبع لهوى نفسه". وأكد منظر الجهاديين أن "القاعدة" لا تملك منهجا ولا فكرا ولا منظرا ولا مفتيا إلا ما يراه بن لادن برأيه الشخصي، وأن من اعترض داخلها تم طرده، وأن ذلك المسلك هو الذي أدى إلى وقوع أحداث سبتمبر/أيلول 2001، لافتا إلى أن جماعة "الجهاد" اتخذت قرارا بفصل الظواهري عندما انضم إلى "الجبهة الإسلامية العالمية لجهاد اليهود والصليبيين" عام 1998، والتي كانت عبارة عن تحالف صريح بينه وبين بن لادن