مهمة هيئة حقوق الإنسان تنحصر في حماية حقوق الإنسان وتعزيزها وفقا لمعايير حقوق الإنسان الدولية في جميع المجالات ونشر الوعي بها، والإسهام في ضمان تطبيق ذلك في صدور أحكام الشريعة الإسلامية، بحيث تكون هي الجهة الحكومية المختصة بإبداء الرأي والمشورة فيما يتعلق بمسائل حقوق الإنسان.