اشتكت هيئة التحقيق والادعاء العام من معوقات وصعوبات عدة تواجهها في عملها، تشمل قلة الوظائف العليا والقيادية، وقلة بدل طبيعة عمل لمنسوبيها، إضافةً إلى مطالبتها بتخصيص مبلغ مالي وفصل ميزانيتها، وذلك على الرغم من صدور توصية من مجلس الشورى بدعم الهيئة بالوظائف التخصّصية والإدارية بما يتناسب مع حجم المسؤوليات المنوطة بها. وأشارت الهيئة في تقريرها السنوي الأخير إلى أنها تعاني منذ عام 1423، من قلة الوظائف العليا والإشرافية فيها، وأن توسعها وانتشارها في مدن المملكة الرئيسة ومحافظاتها وممارستها لاختصاصاتها، كشف لها بصفة واضحة قلة الوظائف المشار إليها، مما أدى إلى تسرُّب القدرات منها للبحث عن فرصة أفضل، في حين أن الهيئة لا تزال حديثة، وفي طور البناء، وهي في أمسّ الحاجة لاستقرار كوادرها والاستفادة من خبراتهم. وأوضحت أنه سبق الرفع بطلب الموافقة على إحداث 5 وظائف نواب رئيس كحد أدنى، المعادلة في تصنيفها للمرتبة الخامسة عشرة، يختص بها رؤساء فروع الهيئة الكبيرة، أسوة بالمماثلين لهم في الجهات الأخرى.
ووفقاً لتقريرٍ أعدّه الزميل عبد الله فلاح ونشرته "الوطن"، اعتبرت الهيئة أن قلة بدل طبيعة عمل منسوبي الهيئة من المعوقات التي تواجهها، وبينت في تقريرها أن سلم رواتب أعضائها وقت صدوره كان مساويا لسلم أعضاء السلك القضائي، باعتبار تساويهما في المسؤوليات والمهام، فيما صدر في عام 1414 توجيه المقام السامي بزيادة سلم رواتب القضاة بنسبة ما بين 30 إلى 40 %، ولم تشمل الزيادة سلم رواتب أعضاء الهيئة، وكان ذلك سببا مهما لتسرب بعض أعضائها بحثا عن الوضع المالي الأفضل.
وطالبت هيئة التحقيق والادعاء العام بتخصيص مبلغ مالي تحت البند 241، مشيرة إلى أنها عاجزة عن تحفيز موظفيها لعدم وجود بند لذلك.