تعمل قوات تحالف دعم الشرعية في اليمن بشكل حثيث على منع انتقال التنظيمات الإرهابية مثل تنظيمي «القاعدة» و«داعش» الإرهابيين إلى المناطق التي تستعيدها قوات الشرعية، وذلك بعد تحريرها من الميليشيات الحوثية وقوات المخلوع علي صالح، بالتوازي مع العمل على تحرير المزيد من المناطق من سيطرة التنظيمات الإرهابية. ووقع الشعب اليمني على مدى سنوات، تحت وطأة التنظيمات الإرهابية التي نشأت في ظل نظام المخلوع، الذي امتهن استغلال كل الأحداث المحلية والإقليمية وجلب تلك التنظيمات، بما يسمح له بالاستمرار في الحكم لأطول فترة ممكنة، ولعل من أهم تلك التنظيمات تنظيم القاعدة الذي وجد في اليمن ملاذا آمنا، إضافة إلى تنظيم داعش الإرهابي، والميليشيات الحوثية التي انتهجت استخدام السلاح منذ وقت مبكر. ونجح تحالف دعم الشرعية في 2016 في تحرير أجزاء كبيرة من منطقة الساحل الجنوبي، خصوصا أبين وحضرموت وشبوة من سطوة التنظيمات الإرهابية، وذلك بعمليات نوعية دفعت هذه التنظيمات إلى التنقل في الصحاري، وتتبادل «القاعدة» و«داعش» الأدوار في استهداف المواقع التي تُسيطر عليها الشرعية، ويظهر ذلك جليا في كم العمليات الإرهابية التي نفذت في 2015 وبداية 2016 وأوقعت عشرات القتلى والمصابين.