أعلن تنظيم القاعدة اختيار المصري أيمن الظواهري زعيما له ، خلفا لأسامة بن لادن الذي قتلته قوات أمريكية خاصة في باكستان 2 مايو الماضي. وفي بيان تحت عنوان "بيان بشأن خلافة الشيخ أسامة بن لادن في إمارة" جماعة قاعدة الجهاد" تناقلته مواقع إسلامية الخميس 16 يونيو 2011 جاء: "بعد استكمال التشاور، تعلن الجماعة تولي الشيخ أيمن الظواهري مسؤولية إمرة الجماعة". حمل البيان توقيع "تنظيم قاعد الجهاد/القيادة العامة". وأكد البيان أن التنظيم "ماض على درب الجهاد في سبيل الله ونصرة المسلمين والمستضعفين". كان الظواهري الرجل الثاني في التنظيم بعد بن لادن، وكان من أقرب المقربين للزعيم الراحل ، إلا أن بعض المحللين توقعوا ألا يكون هو الزعيم القادم للتنظيم لعدم حصوله على دعم كاف بين صفوفه. وبدا واضحا من البيان أنه لن يكون هناك تغيير في سياسة التنظيم ، فقد أكد دعمه "لكل من يجاهد لإعلاء كلمة الله على بصيرة من الله ، ويدافع عن الإسلام وحقوق المسلمين في أي بلد من بلدانهم" ، بما في ذلك الأراضي الفلسطينية وأفغانستان والعراق والصومال والجزيرة العربية والمغرب والشيشان. وفيما يتعلق بالقضية الفلسطينية، شدد التنظيم على أنه "لن نقبل بالتنازل عن شيء من فلسطين. ولن نقبل أو نلتزم أو نتقيد بأي اتفاق،ٍ أو إقرار، أو معاهدةٍ تقر بذلك، أو تسلُبُ المسلمين شبراً من فلسطين، سواء كانت من الأممالمتحدة، التي يتحكم فيها أكابرُ المجرمين، أو غيرِها من الهيئات والمنظمات". وجدد التنظيم دعمه للانتفاضات العربية "حتى تزول كل الأنظمة الفاسدة الظالمة التي فرضها الغربُ على بلادنا واتخذها جسراً لتمرير سياساته وفرض إرادته". كان التنظيم أعلن اختيار المصري سيف العدل قائدا مؤقتا لعمليات تنظيم القاعدة في اعقاب مقتل بن لادن.