اعتمد مدير الجامعة الإسلامية بالمدينةالمنورة الدكتور حاتم بن حسن المرزوقي الهيكل التنظيمي الجديد للجامعة والذي يأتي في إطار عملية التطوير الإداري التي تشهدها قطاعات الجامعة، بهدف الارتقاء بالأداء وتحسين بيئتي العمل الأكاديمية والإدارية. وأكد الدكتور حاتم المرزوقي أن الهيكلة الجديدة تسهم في تعزيز الاستدامة وزيادة كفاءة الموارد، بالإضافة إلى ضبط العمل وتحقيق تكامله وتجانسه وضمان إنجاز الأعمال بسرعة ودقة، مضيفًا إنها تعزز الرقابة الفاعلة على الأنشطة التنفيذية لتحقيق أفضل النتائج بما يتوافق مع رؤية المملكة 2030 وتحقيق متطلبات الأهداف الاستراتيجية لبرنامج التحول الوطني. وقال: إنه جرت دراسة الهيكل الجديد بعناية بين قيادات الجامعة وعدد من الخبراء، مشيرًا إلى أن الطالب يعد المحور الرئيس في الهيكلة الجديدة. وشهدت الهيكلة استحداث 3 إدارات جديدة. منها اثنتان ترتبطان مباشرة بمدير الجامعة، وهما: مكتب التحول الوطني الذي يتولى الإشراف على مبادرات البرنامج الوطني وإعداد الخطط وقياس الأداء وإدارة المشاريع، وإدارة قطاع الأعمال التي تضم 4 وحدات تختص بالاستثمارات والأوقاف والمؤسسات المانحة وريادة الأعمال وذلك لتعزيز الموارد المالية الذاتية للجامعة والمساهمة في دعم الأنشطة والأبحاث والتطوير ودعم العلاقة بين الجامعة والمجتمع. وشملت الهيكلة الجديدة استحداث إدارة المدينة الجامعية، وتضم إدارات المشاريع والصيانة والخدمات العامة بالإضافة إلى إدارة الإسكان والأمن والسلامة والتغذية والمطبعة التي جرى نقلها من إدارات أخرى، وكذلك تم استحداث إدارتين جديدتين خاصتين بإدارة المرافق الرياضية والسلامة.