من الملاحظ أن جامعة الدول العربية تواجه الآن تحديات لا تقل خطورة عن التحديات التي واجهتها الأمة العربية ومؤسساتها الأم في مراحل سابقة، وأبرز هذه التحديات هي. تحدي المرحلة الجديدة في العلاقات الدولية أو ما يسمى النظام العالمي الجديد، وهذا التحدي يفرض على الدول العربية والجامعة العمل على توفير القدرات العربية للتعامل مع هذا النظام من موقع يحمي الأمة العربية وكل قطر من أقطارها من مخططات الهيمنة والأطماع الأجنبية، ويسهم في إرساء العلاقات الدولية على أساس مبدأ التكافؤ والمنافع المتبادلة. التحدي الناجم عن مستلزمات الأمن القومي العربي وخلو الساحة العربية من وسائل وترتيبات حماية الأمن الجماعي العربي الذي يستدعي صياغة رؤية جديدة لهذا الأمن الجماعي قوامها القوى الذاتية للأمة العربية وفق آلية عربية تنبثق عن أحكام ميثاق الجماعة وتنسجم مع ميثاق الأممالمتحدة. التحدي الذي تطرحه عملية السلام الشامل والعادل والدائم ، سواء من حيث القدرة على التصدي لنزاعات التوسع والسيطرة الإقليمية وإنهاء الاحتلال الإسرائيلي لجميع الأراضي العربية في إطار التنفيذ الكامل لقرارات الشرعية الدولية، ووفقا لمبدأ الأرض مقابل السلام، أم من حيث متطلبات السلام القادم، أو ما يترتب على إدارة الصراع في حال السلم، وكلا الأمرين يستوجب رؤية عربية مشتركة وموقفاً عربياً موحداً يوفران لأمتنا القدرة على التعامل الواعي مع ما يرسم لمنطقتنا وراء مسميات الشرق الأوسط الجديد. التحدي الذي تطرحه مسألة التنمية العربية الاقتصادية والاجتماعية التي تشكل الشرط الذي لا غنى عنه لمنعة الأمة العربية وتقدمها. وغني عن التأكيد أن هذه المهمة التاريخية لا يمكن انجازها إلا بتعبئة جميع الطاقات والموارد والثروات العربية وفق خطة إستراتيجية شاملة تتيح لأمتنا إمكانية التعامل- ومن موقع الاقتدار- مع معطيات النظام العالمي الجديد الذي يسيِّر التجمعات الاقتصادية الكبرى والقوى الدولية العملاقة وحيث لا حياة فيه للكيانات السياسية أو الاقتصادية الصغيرة، وكذلك القدرة على التعامل الواعي مع ما يرسم لمنطقتنا وراء مسميات الشرق الأوسط الجديد. التحدي الديمقراطي الذي يستدعي تكريس الحياة الديمقراطية والشرعية والبرلمانية والتعددية السياسية وتعزيز الحريات الأساسية للمواطنين واحترام حقوق الإنسان التي أصبحت معلماً من معالم الحياة الإنسانية، خاصة في العقدين الأخيرين من هذا القرن. لذلك فإن مختلف القيم الاجتماعية الضرورية لبناء المجتمع العصري المترابط يفقدها النظام العربي تدريجياً تحت وطأة القيم الجديدة التي تنبعث من داخل النظام الاجتماعي العربي الجديد، مقترناً بظهور هذه القيم وتمكنها من المجتمع العربي والتي أفرزت أفكاراً ومذاهب وتعصبات التيارات الدينية المتطرفة، والتي تقترب حثيثاً من أهدافها الحقيقية في مجتمعات الثروة، أي على مراكز النظام الاجتماعي العربي الجديد حيث تشكل القيم الجديدة، مجتمعة التربة الخصبة لنمو أزمات الأقليات والطوائف. ويصاحب هذا الوضع انهيار عام في الثقافة العربية، ويكفي أن الوطن العربي صار يكتب وينشر أقل من ثلث ما كان يكتبه وينشره منذ خمسة عشر عاماً. والملاحظ أن المتفق عليه عربياً أن نقطة البدء في العمل لمواجهة جميع التحديات المشار إليها هي استعادة قوة الدفع للتضامن العربي الذي يشكل الأساس الراسخ للأمن القومي العربي وللعمل العربي المشترك ولنماء واستقرار كل قطر من أقطارنا العربية. الإرهاب وهو أحد أهم التحديات التي يواجهها العالم العربي. والإرهاب ليس وليد اليوم فقد عانت منه المجتمعات منذ القدم حيث أصبح إرهاب اليوم له طابعه الخاص من حيث التنظيم والتمويل مما يتطلب الحاجة الماسة إلى تعزيز سبل التعاون الدولي على مختلف المستويات المحلية والإقليمية والدولية وذلك لمواجهة خطر الإرهاب. وجاءت أحداث سبتمبر لتربك النظام الدولي ومفاهيم السياسة الدولية، حيث بات الإرهاب ظاهرة عالمية ومعقدة لا ترتبط بدين أو مجتمع أو ثقافة. وتعد جامعة الدول العربية في مقدمة من نادوا بالحرب على الإرهاب فقد أدانت جميع الدول العربية الإرهاب بشدة وبجميع أشكاله ومظاهره أيا كان مرتكبوه وحيثما ارتكب، حيث أنه يشكل أخطر التهديدات والتحديات التي تواجه السلم والأمن الدوليين، إلاّ أن الدول العربية نادت بضرورة التمييز بين الإرهاب وبين حق الشعوب في الكفاح المشروع ضد الاحتلال. ولقد وضعت الجامعة العربية موضوع الوقاية من الإرهاب ومكافحته على رأس أولوياتها وبادرت منذ التسعينات من القرن الماضي إلى الدعوة لعقد مؤتمر دولي تحت رعاية الأممالمتحدة لبحث ظاهرة الإرهاب والاتفاق على تعريف له ضمن اتفاقية دولية شاملة حول الإرهاب. وما دامت الجامعة العربية مؤهلة لأن تقوم بدور مهم في ترميم الوضع العربي المتأزم بهدف السير نحو مستقبل مشرق لأمتنا، فإن تطوير أوضاع الجامعة يصبح ضرورة قومية وعملية ملحة. والنقطة المحورية هنا هي تطوير أحكام ميثاق الجامعة وإيجاد الآليات المناسبة التي تضمن للقرار العربي المشترك قوة التنفيذ، وإرساء العلاقات العربية على ضوابط ثابتة تكفل حل الخلافات العربية في نطاق الجامعة وبصورة سلمية، لأن تحقيق هذا الهدف هو مهمة ينبغي أن تنهض بها جميع الدول العربية لما فيه من خير لهذه الأمة وبقاؤها وسؤددها. وبذلك يمكن القول إن مستقبل الجامعة العربية رهن بأربعة أمور هي: الوحدة العربية، تطوير وسائل الأمن الجماعي، التسوية السلمية للمنازعات، ومعالجة واقعية لمشاكل التكامل الوظيفي الإقليمي. حيث أن الأمن الجماعي يعتبر ركيزة لتحقيق الأمن القومي.