المصابون بالشخير وتوقف التنفس أثناء النوم يعانون من ضعف في وظائف المخ العليا مثل الذاكرة والتركيز وينعكس ذلك على أدائهم اليومي. وتعتبر هذه الأعراض من أهم أعراض المرض. وكان المختصون يعتقدون أن السبب هو نقص النوم وسوء جودة النوم بسبب تقطعه نتيجة لتوقف التنفس المتكرر ونقص الأكسجين. ودعم هذا التصور أن الكثير من وظائف المخ تتحسن بعد استخدام جهاز التنفس المساعد. ولكن حديثا توصل الأطباء إلى حدوث تغيرات في المخ نتيجة لتوقف التنفس أثناء النوم والنقص المتكرر في مستوى الأكسجين في الدم. فقد أظهرت دراسة نشرت حديثا في مجلة الجمعية الأمريكية للصدر American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine أجريت على 17 شخصاً مصابين بتوقف تنفس شديد أثناء النوم وتمت مقارنتهم بخمسة عشر شخصا سليما من نفس العمر. وأظهرت النتائج أن توقف التنفس أثناء النوم نتج عنه نقص مهم في قشرة المخ أو ما يعرف بالمادة الرمادية أو السنجابية وصاحب ذلك ضعف في الوظائف التنفيذية للمخ مثل القدرة على التحليل وحل المشاكل. الجيد في الأمر أن الباحثين تابعوا المرضى بعد 3 اشهر من العلاج بجهاز التنفس المساعد ووجدوا زيادة ملحوظة في المادة الرمادية للمخ وتحسن وظائف المخ التنفيذية بصورة كبيرة. تعتبر هذه الدراسة أول دراسة تثبت تأثر المخ بتوقف التنفس أثناء النوم وتدل على أن العلاج المبكر يحفظ المخ بمشيئة الله ويعيد حجمه على الحالة الطبيعية.