تواجه مفوضية استفتاء جنوب السودان طعونا قانونية بحقها أمام محكمة الدولة الدستورية، حيث طالبت مجموعة من المحامين المحكمة بتصحيح الوضع القانوني وإزالة ما أسموْه المخالفات التي صاحبت مجمل عملية التسجيل والاحتكام إلى دستور البلاد لإصلاح الأمر. وتتهم الطعون المفوضية بتعديل الجداول الزمنية لمختلف المراحل التي تسبق الاستفتاء، مما يعده منتقدوها خرقا لدستور السودان وقانون الاستفتاء. وقال ممثل الطاعنين في إجراءات التسجيل إسماعيل حسين حاج (تقدمنا بطعن دستوري عن وجود بعض المخالفات القانونية التي شابت إجراءات التسجيل، وهناك حق دستوري أهدر ونحن نطالب بتصحيح الوضع القانوني).