قالت باكستان إنها ستفرض قيودا مشددة على الجمعيات الخيرية المرتبطة ببعض من تصفهم ب(الإسلاميين المتشددين)، وسط مخاوف من أن تؤدي مشاركتها في جهود الإغاثة لمنكوبي الفيضانات إلى تقويض معركة إسلام آباد ضد (الإرهاب). وبينما كافحت الحكومة الباكستانية -التي أربكها حجم الكارثة- لإيصال المساعدات إلى ملايين الأشخاص، سارعت جمعيات خيرية إسلامية بموارد محدودة لملء الفراغ بفاعلية كبيرة. وحذر وزير الداخلية الباكستاني رحمن مالك الجمعيات المحظورة من زيارة المناطق المنكوبة، وقال (سنلقي القبض على أعضاء الجماعات المحظورة الذين يجمعون أموالا وسنحاكمهم طبقا لقانون مكافحة الإرهاب). وحذر الرئيس الباكستاني آصف علي زرداري ورئيس لجنة العلاقات الخارجية في مجلس الشيوخ الأميركي السيناتور جون كيري الخميس من أن حركة طالبان باكستان تحاول الترويج لفكرها من خلال تقديم مساعدات لمنكوبي الفيضانات. وكانت جماعة الدعوة التابعة ل(لشكر طيبة) قد نشطت في عمليات الإغاثة بشكل لافت بعد الزلزال الذي ضرب الجزء الباكستاني من كشمير عام 2005، وهو ما أعطاها شعبية بين السكان. كما كانت الجماعة المتهمة بالضلوع في الهجمات على مدينة مومباي الهندية في نوفمبر 2008، إحدى أهم المنظمات الخيرية التي قدمت الدعم لمئات الآلاف من اللاجئين الباكستانيين الفارين من مناطق القتال بين الجيش الباكستاني ومقاتلي طالبان بوادي سوات.