طبقّ مشروع التأهيل البيئي للوادي، آلية مبتكرة غير مسبوقة في المنطقة في مجال إعادة الغطاء النباتي للوادي، تمثلت في نقل نحو 2000 شجرة صحراوية كبيرة من مناطق مختلفة وإعادة غرسها على امتداد المشروع الذي يزيد عن 80 كيلو متراً من العمارية شمالاً حتى الحايرجنوباً. وتضمنت هذه الآلية العلمية التي نفذتها الهيئة العليا لتطوير مدينة الرياض لأول مرة في المملكة، تحديد مناطق غير آهلة تتمتع بكثافة في الأشجار، وتكون مهددة بالزحف العمراني، أو معرضة الأشجار فيها للزوال نتيجة مشاريع التطوير المختلفة ، ومن ثم تقديم الرعاية والري لهذه الأشجار المختارة لمدة زمنية محددة، ومن ثم تهيئة هذه الأشجار للنقل بأساليب علمية، تمهيداً لنقلها إلى الوادي بطرق خاصة، وصولاً إلى إعادة غرسها في الوادي في مواقع منتقاة تتطابق مع البيئة التي خلعت منها. وقد نجحت الهيئة في تطبيق هذه التجربة في مختلف أرجاء الوادي، حيث استعادت هذه الأشجار نموها في مواقعها الجديدة، وساهمت في تكثيفق الغطاء النباتي للوادي، فضلاً دورها في تخفيف درجات الحرارة في المناطق المحيطة بالوادي، وإنعاش الحياة الفطرية والبيئية فيها. وفي الإطار ذاته، جرى غرس 30 ألف شجرة صحرواية في بطن الوادي، وغرس نحو سبعة آلاف نخلة منها 2100 نخلة تم غرسها في الجزء الواقع من شمال طريق العمارية إلى سد وادي حنيفة، إضافة إلى غرس 4400 نخلة في الجزء الواقع من جسر العريجاء حتى بحيرات الجزعة، فيما تم غرس 500 نخلة في الجزء الممتد من بحيرات الجزعة إلى سد الحاير. كما جرى غرس أكثر من 50 ألف شجيرة عن طريق الاستزراع من البذور والشتلات الجاهزة، على امتداد مشروع التأهيل البيئي لوادي حنيفة، إلى جانب تنفيذ نظام ريّ يدوي يشمل مجموعة من الآبار، وخطوط الري في الوادي، بطول يزيد عن 40 كيلو متراً لري الأشجار في أوقات الجفاف. كما شملت الإجراءات التي اتخذتها الهيئة لإعادة الغطاء النباتي في المشروع، تطعيم المناطق المقفرة من النباتات في الوادي بنباتات تنبت طبيعياً في الوادي عبر نقلها من بعض الشعاب ذات الكثافة النباتية العالية، وغرسها في بعض أجزاء الوادي المقفرة، كأشجار الطلح والسمر والأثل. وقد انطلقت عملية إعادة الغطاء النباتي في مشروع تأهيل وادي حنيفة على عدد من الأسس، من أبرزها: إعادة غرس النباتات التي سبق أن كانت من مكونات الوادي في السابق، واعتماد مستوى تشجير بكثافة يمكن الحفاظ عليه بقدرات الوادي الطبيعية الذاتية من مياه سطحية وجوفية. وقد شمل برنامج إعادة الغطاء النباتي في الوادي جملة من الإجراءات الأساسية، ضمت: إزالة التربة الملوثة بالمواد الهيدروكربونية من بطن الوادي واستبدالها بتربة صالحة لنمو النباتات من تربة الوادي. تطعيم المناطق المقفرة في الوادي بنباتات ملائمة لطبيعة الوادي عبر نقلها من بعض الشعاب ذات الكثافة النباتية العالية وزرعها في بعض أجزاء الوادي، كأشجار الطلح والسمر والأثل. غرس أشجار النخيل في الأماكن المعدة للتنزه وفي بعض ممرات المشاة.