يركز قسم التثقيف الصحي ببعثة حج الخدمات الطبية للقوات المسلحة على تقديم التوعية المباشرة للحجيج بواسطة برنامج أسأل طبيبك وذلك عبر مركز التثقيف الصحي بمنى والمراكز التثقيفية التابعة للخدمات الطبية المنتشرة في المشاعر المقدسة. ويقوم القسم بتوعية الحجاج عن عدد من الأمراض ومنها مرض أنفلونزا الخنازير ومرض السكري ومرض الأنفلونزا الموسمية وطرق الوقاية منها ومرض السل الذي يعتبر من أكثر الأمراض انتشاراً في مثل هذه الأماكن المزدحمة وطرق الوقاية من هذه الأمراض بالإضافة إلى التوعية عن أهمية النظافة الشخصية لما لها من مردود إيجابي على صحة الفرد والصحة العامة. ويقدم من خلال معرضه التثقيفي الصحي بمستشفى القوات المسلحة بمنى المطبوعات التوعوية المختلفة من مطويات وملصقات وكتيبات وبأكثر من ثمان لغات وخدمة الجوال المتنقل كوسيلة توعوية لخدمة الحجاج أينما وجدوا. ومن الخدمات التي يقدمها القسم تجهيز الفرق الجوالة التي تقوم بالتجول في المشاعر المقدسة وهدفها توسيع دائرة التثقيف الصحي والمعلوماتي لحجاج بيت الله دون انتظار وصول الحاج إلى المراكز الطبية حيث إن هذا يخدم الجانب الوقائي الذي تسعى الإدارة العامة للخدمات الطبية للقوات المسلحة وجميع الوحدات التابعة لها إلى تعزيزه بين مواطني هذه البلاد وزائريها.