عندما تفشل طريقة الفحص بالمنظار وطريقة بزل غشاء الجنب (المحيط بالرئة) في الوصول الى التشخيص، فإن استحضار خزعة من النسيج الرئوي يصبح أمراً لا مفر منه أمام الطبيب الفاحص من أجل كشف العلة التي داهمت الرئة. وتؤخذ الخزعة من الرئة إما باستخدام الطريقة المفتوحة أو الطريقة المغلقة، ويتم اللجوء الى الأولى عند شق الصدر المحدود جراحياً بعد التخدير العام للمريض، وغالبية المرضى لا يرتاحون لمثل هذا الفحص الذي يستغرق حوالى 30 دقيقة، غير انه يعتبر الوسيلة الأفضل في التشخيص عند المصابين بأمراض مناعية أو باعتلالات رئوية. أما الطريقة الثانية، أي المغلقة، فتتم عبر احدى الوسائل الآتية التي يراها الطبيب الفاحص مناسبة، ومنها: - أخذ الخزعة عبر القصبات أثناء فحص الأخيرة بالمنظار، اذ يجري بواسطة التصوير الومضاني تحديد الهدف الذي ستؤخذ الخزعة منه ومن ثم يتم إدخال إبرة عبر قناة المنظار الى المنطقة المقصودة، وبعدها يتم الرشف بواسطة محقن مثبت. - أخذ الخزعة عبر المنظار باستخدام الفرشاة بدل الإبرة، اذ يقوم الطبيب بتحريك الفرشاة جيئة وذهاباً فوق المنطقة المشتبه بها، ومن ثم توضع الخلايا التي علقت بالفرشاة على شرائح بلورية لفحصها تحت المجهر. - أخذ الخزعة عبر الجلد بواسطة إبرة بعد أخذ صورة بالأشعة السينية للمنطقة، ولا تخلو هذه الوسيلة من إمكانية إلحاق بعض الأذى بالأوعية الدموية الكبيرة. هناك جدال كبير حول طبيعة الأمراض والمرضى الذين يجب إخضاعهم لخزعة الرئة، ولكن في شكل عام تجرى في حال الشك في الأمراض الآتية: - الأورام السرطانية. - داء الساركوئيد. - في أدواء الرئة الميكروبية. ان أخذ الخزعة من الرئة قد يرافقه بعض الاختلاطات المحتمل وقوعها مثل: الريح الصدرية، وهو وجود هواء في المساحة الواقعة بين ورقتي غشاء الجنب الذي يلف الرئة من الخارج. ويشكو المصاب من ألم مفاجئ في الصدر مع ضيق في التنفس، وتعب وتسرع في ضربات القلب، وازرقاق في اللون. ويستعان في حال الشك بالريح الصدرية بالتصوير الشعاعي، وبالتصوير الطبقي المحوري من أجل تحديد مكانها بدقة. ان الريح الصدرية حالة اسعافية يجب علاجها بسرعة. النزف الرئوي، ويشكو المريض هنا من الشحوب، والتعرق البارد، وغؤور العينين، وانخفاض درجة حرارة الجسم، وازرقاق الشفتين، وبصاق الدم، والتنفس السريع، والوهن والضعف العام، وربما الإغماء. التهاب غشاء الجنب التقيحي، ان المناورات التي ترافق إجراء الخزعة قد تسبب التهاباً في غشاء الجنب المحيط بالرئة، ويعاني المريض من ألم حاد مفاجئ يتموضع عادة في جانب واحد من الصدر ويزداد سوءاً عندما يتنفس المريض بعمق. أيضاً قد يشكو المريض من ألم في الكتف، ومن صعوبة كبيرة في القدرة على التنفس.