يعود تاريخ إنشاء المحاكم الإسلامية في الصومال للعام 1991 عقب انهيار الحكومة المركزية هناك، لكنها لم تعمر طويلاً بسبب ما لحق بها من أضرار في الحرب الأهلية الصومالية، ثم عادت للظهور من جديد في عام 1994. وفي عام 1996 أدت الخلافات القبلية والسياسية في الصومال إلى تحجيم دورها بشكل كبير حيث لم يكن لها تأثير سياسي أو عسكري. وظلت تعمل كذلك إلى أن تعزز دورها مرة أخرى عام 1998. وفي أعقاب هجمات أيلول (سبتمبر) عام 2001 خضعت الحكومة الانتقالية الصومالية، وما أكثر الحكومات الصومالية الانتقالية، لضغوط لإلغاء تلك المحاكم، اعتقاداً منها أنها مرتبطة بجماعة الاتحاد الإسلامي، المدرجة ضمن القائمة الأميركية الخاصة بالمنظمات الإرهابية. في أوائل العام 2004 عادت المحاكم الإسلامية إلى الساحة الصومالية بعد غياب دام سنوات عدة منذ أن تم إلغاؤها بعد أحداث الحادي عشر من سبتمبر، وساعد في عودتها تدهور الأوضاع الأمنية في الصومال في حينه. وبعد عامين من حكمها الفعلي وغير الرسمي لعدد من المناطق الصومالية عادت الحكومة الصومالية الموقتة والرئيس عبدالله يوسف من العاصمة الكينية نيروبي المقر الموقت ليوسف والحكومة بعد سقوط نظام المحاكم الإسلامية. وازداد الوضع تعقيداً بسبب التدخلات الأفريقية في الشأن الداخلي الصومالي، إذ تدعم إثيوبيا الحكومة في بيدوا والاتحاد الأفريقي يدعم الحكومة في مقديشو، ونتيجة لاستمرار تدفق الأسلحة وانشطار الجماعات المسلحة إلى مجموعات متفرقة ذات ولاءات وأجندات متناقضة. وفي نهاية العام 2008 عاد شريف شيخ أحمد الوجه الأبرز في المحاكم الإسلامية في الآونة الأخيرة إلى الصومال، وانتقل من موقعه كزعيم للمعارضة الصومالية إلى رئيس للصومال. ومع انسحاب القوات الإثيوبية وعودته وتنصيبه رئيساً توقّع معظم المراقبين أن يشهد الصومال حالة من الحوار بين جناحي أسمرة وجيبوتي، وترسيخ الهدوء بعد وجود حكم إسلامي ومعارضة إسلامية يمكنهما الوصول إلى اتفاقات تخدم الصومال والشعب الصومالي بعد عقود من الحروب والدمار والموت والفقر. أخذ الحزب الإسلامي وحركة شباب المجاهدين وغيرهما من التنظيمات والفصائل الصومالية المبادرة بالهجوم عسكرياً على الحكومة الجديدة والبرلمان والقصر الرئاسي الذي يقيم فيه الرئيس الجديد، الذي يعتبر أحد أبرز الرموز الإسلامية في الصومال. واجتمعت وبشكل سريع هيئة علماء المسلمين وأقرت بإسلامية وشرعية الحكومة وعدم جواز محاربتها، وفي الوقت نفسه فإن من يقوم بمحاربتها يعتبرون أنفسهم أهل الشريعة ومطبقيها في الأرض والساعين لنشر الإسلام في ربوع العالمين. وفي تلك الأثناء قدمت الحكومة للرئيس الصومالي الإسلامي قانون تطبيق الشريعة الإسلامية في الصومال بعدما أقره البرلمان، وقام الرئيس باعتماده. وعلى رغم كل هذا ما زال القتال مستمراً بين قوات حكومية إسلامية وحركات معارضة إسلامية. الطرفان أصولهما إخوانية أي أن نشأتهما وتربيتهما كانت في كنف جماعة الإخوان المسلمين، والطرفان تطرفا حتى وصلا إلى مربع «القاعدة»، ويمثل كل منهما تنظيم القاعدة في الصومال، إلا أن القتال بينهما مستمر. سمعت أفراد الجماعات المسلحة ينادي أحدهم بعيد إطلاق إحدى القذائف: تكبير، فترد بقية المجموعة: الله أكبر، تكبير، الله أكبر. ومن المؤكد أن القوات الحكومية التابعة للحكومة الإسلامية والرئيس الإسلامي كانت تنادي: تكبير، الله أكبر، مع كل قذيفة. وقد يكون هناك من هو في أفغانستان وباكستان واليمن والجزائر والعراق وغيرها يردد التكبير ذاته مع هذا الطرف أو ذاك أثناء مشاهدة لقطات الحرب بين إخوة العقيدة والوطن. قد تمثل التطورات على الساحة الصومالية مؤشراً على أن الحركات الدينية المتطرفة لا تصلح للمشاركة في الحياة السياسية والاقتصادية للمجتمعات، إذ إنها لا توجد لديها برامج حياتية وكل ما تجيده هو استعمال الأسلحة والقتل والتدمير، ومن هنا لا بديل عن تطوير استراتيجيات إقليمية وعالمية لاجتثاثها.